El señorío de Lanzarote pasó por diversas familias, debiéndose destacar entre sus titulares a Agustín de Herrera, Conde de Lanzarote y primer Marqués de la Isla, que realizó numerosas razzias (14 entre 1556 y 1560) en las costas africanas con el propósito de capturar esclavos moriscos, que llegarían a constituir las 3/4 partes de la población de la Isla. Estas incursiones fueron devueltas por los corsarios berberiscos, lo que sumado a las acciones de ingleses y franceses provocó que Lanzarote sufriera ataques en 1551, 1569, 1571, 1581, 1586, 1593, 1596, 1598, 1618, 1726, 1749 y 1762. Anteriormente, una flota portuguesa había asaltado la Isla en 1459.

Los ataques, la existencia de sequías y plagas de langosta, además de los pesados tributos señoriales, crearon una situación de frecuente crisis en la Isla que llevó a la emigración. Este fenómeno se combinó con las capturas de habitantes realizadas por los berberiscos para mantener a la Isla con bajos niveles de población. Así, a finales del siglo XVI Lanzarote sólo contaba con unos 600 habitantes.

Otra grave amenaza que tuvieron que afrontar los habitantes de Lanzarote fue la volcánica, y en 1730-1736 se produjo un largo ciclo de erupciones que sepultó varios pueblos y algunas de las mejores tierras de cultivo de la Isla, que le habían permitido ejercer de granero de Tenerife y Gran Canaria, lo que provocó un nuevo éxodo de habitantes. Sin embargo la arena volcánica pronto resultó beneficiosa para la agricultura de la Isla, puesto que se instalaron nuevos cultivos, destacando entre todos el de la uva en el paisaje de La Geria para obtener el conocido vino de malvasía, que comenzó a exportarse en el último cuarto del siglo XVIII.

A finales del s. XVIII se introduce un nuevo cultivo de exportación, la barrilla, de la que se obtenía sosa o sal alcalina exportada a Londres y Venecia. En el s. XIX aparecerá la cochinilla, pero al igual que la barrilla y antes la orchilla en el s. XVI también entraría en crisis.

Otra actividad productiva importante fue la producción de la sal surgiendo hasta 26 salinas que llegaron a operar en la Isla, y que llegó a ser tan importante que condujo a la creación de un nuevo tipo de salina, la de tajo compuesto y forro de piedra, y a la presencia de maestros salineros lanzaroteños en la construcción de salinas en el resto de Canarias.

Las diferentes crisis por las que pasó la Isla motivaron diversos movimientos de emigración hacia otras Islas y hacia América. De esta emigración cabe destacar la fundación de San Antonio de Texas en 1729. Asimismo, fue importante la presencia de lanzaroteños en Uruguay, donde algunos participaron activamente en la vida pública.

Hasta 1852 la capital de la isla era la Real Villa de Teguise y a partir de ese momento y hasta la actualidad ese nombramiento lo tiene Arrecife. La causa es muy simple Arrecife tenía puerto y con la aparición de los grandes comercios y del puerto de Arrecife, este fue creciendo en tamaño, necesidad e importancia. Era la puerta de entrada y salida de la isla.

Durante bastantes años la pesca y la agricultura fueron las actividades económicas que impulsaron a esta isla.