Una línea recta define su límite sur con el vecino San Bartolomé. El borde oeste con Teguise, sigue asimismo una línea casi recta, mientras que la divisoria norte, con este mismo municipio, va a ceñirse al borde de una colada lávica emitida en las erupciones de 1730-1736.

De esta forma, el término municipal de Arrecife, prácticamente no se encuentra afectado por las erupciones históricas o de escasos miles de años, habidas en la isla. Ocupa un área donde Únicamente se encuentran materiales emitidos a lo largo del segundo ciclo volcánico, de los dos considerados en la formación de la isla. Su topografía es muy suave, apenas alterada por las laderas de una serie de montañas situadas en su límite oeste. Ello facilita la circulación del jable (arena), empujado por los vientos alisios.

Sin embargo, el elemento más característico está en los arrecifes, que en definitiva le dan el nombre. Esta costa baja, con numerosos arrecifes e islotes determina un litoral muy singular, único en el Archipiélago. A partir de algunos de estos islotes se desarrollaría el puerto y construcciones defensivas, caso del Castillo de San Gabriel y el muelle de Arrecife.

Temperaturas suaves y escasas precipitaciones, son los datos más relevantes del clima. Esta aridez, junto al uso dado al espacio, determinan que la cubierta vegetal natural sea a menudo inexistente o un pobre matorral de sustitución.